Ο Σύμβουλος Εθνικής Ασφαλείας, θέση αντίστοιχη με τη θέση Γενικού Γραμματέα, διαθέτει τετραετή θητεία και εισηγείται στον πρωθυπουργό επί του σχεδιασμού της στρατηγικής εθνικής ασφαλείας και είναι υπεύθυνος για τη λειτουργία του ΣΕΑ, το οποίο συνεδριάζει τουλάχιστον 4 φορές ετησίως. Ο Σύμβουλος Εθνικής Ασφαλείας επίσης ενημερώνει τους αρχηγούς των κομμάτων του ελληνικού Κοινοβουλίου επί ζητημάτων αρμοδιότητας του οργάνου, ενώ αυτοδικαίως θα είναι και μέλος του ΚΥΣΕΑ. Παράλληλα, το ΣΕΑ προετοιμάζει και υποβάλλει προς τον πρωθυπουργό ετήσια έκθεση στρατηγικού σχεδιασμού με την ονομασία «Στρατηγική Εθνικής Ασφαλείας».